沙勿略重新掌权后，只做了一件事，就是不管付出多大代价，都要取得沈大人的谅解……沈默其实并不怪罪沙勿略，传教士不是白求恩，不可能毫不为己、专门利人，他们来大明的一切行为背后，根本目地就是传教。但沈默为他们大开方便之门，却不是为了让天主的光辉照耀中国，而是要借这些精通科学和哲学的外国人，来为大明的士大夫开启一扇认识世界的窗户。
所以他必须打消他们想走捷径的念头，把他们牢牢地固定在自己划定的轨迹上。在这片东方大地上，双方实力过于悬殊，沈默甚至不需要亲自出手，就能达到自己的目地。对于这位年轻大人的想法，饱览世情的沙勿略自然不会不知，起先他并不甘心被利用，但通过同伴进行试探，已经遭到了毫不留情的打击。
了解到对方的态度后，沙勿略明白了，要想在这里传教，就只能被对方利用，而且还得把差事做好。只有在这个前提下，才能获得传教的自由。但光自己明白没有用，还得让同伴也明白才行。好在没用多久，他的同伴们就发现，仅取得皇帝的信任是没用的，这位年轻的皇帝，并不像与他同龄的腓力二世，或者伊丽莎白女王那样强势。相反，他只在乎自己过得好不好，而把一切政务都交给他的大臣们。所以取得这些大臣的认可，才是最重要的。
让他们沮丧的是，那些京城的官员们虽然彬彬有礼，纷纷邀请他们去做客，但也只是对新奇事物的好奇，更多的是问海外的风土人情，打听自鸣钟、西洋琴的来历，以及能否代购之类。通过交谈，他们发现京城高官对世界的了解，远不如上海那些年轻而富有朝气的官员，其对整个西方世界的认知，都透着妄自尊大，显得支离破碎且不着边际……而这正是传教团遭遇困境的根源，因为《大明会典》里只记载有西洋琐里国，并无大西洋国，所以京城官员普遍认为他们‘其人可疑，其国也真伪不可知’也。
